Trotz der Namengebung „Mühlhausen-Ebelebener-Eisenbahn“ wurde die Kilometrierung von Ebeleben aus ausgeführt. Der Bahnhof Schlotheim wird nach einer 90° Kurve von Ebeleben aus erreicht. Im Höhenplan von 1975 ist der Bahnhof mit einer Höhe von 245,47m über NN verzeichnet.
In der Anfangszeit wurden die Gleise nur für geringen Achsdruck ausgelegt, was auch positiven Einfluss auf die Kostenersparnis hatte. Mit dem steigenden Verkehrsaufkommen und der Anschaffung schwererer Fahrzeuge wurde eine Erneuerung der Gleisanlagen erforderlich. Anfang der achtziger Jahre des vorigen Jahrhunderts machte sich wieder eine Erneuerung der Gleisanlagen notwendig, da das Gleisbett bis dahin 50 Jahre seinen Dienst tat und Langsamfahrstellen und Entgleisungen zur Folge hatte. Anschließend konnte die Streckengeschwindigkeit von 40km/h auf 50 km/h erhöht werden, was eine deutliche Fahrzeitverkürzung zur Folge hatte.
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Die Gleisanlagen erfuhren über die Jahre hinweg diverse Erweiterungen (je nach Güteraufkommen) als auch Rückbau bis hin zum gänzlichen Abbau der Gleisanlagen. Auf dem oben stehenden Foto ist die erste Variante des Gleisverlaufs im Bahnhof gut zu erkennen. Das spätere Gleis 2 vor dem Güterschuppen, endete damals noch vor dem Empfangsgebäude. Wahrscheinlich wurde dieses Ladegleis erst 1926-1928 bei umfangreichen Gleiserneuerungsarbeiten am Empfangsgebäude vorbeigeführt und mündete dann in Gleis 2.
Für derartige Maßnahmen war bereits im §7 des Gesellschaftsvertrags der Eisenbahn-Gesellschaft Mühlhausen-Ebeleben festgehalten, wie anfallende Kosten in der Bilanz zu berücksichtigen sind. Der Wortlaut des o.g. Paragrafen lautet wie folgt:
§7 Erneuerungsfonds
"Mit Eröffnung des Betriebes der ganzen Bahn wird ein Erneurungsfonds nach den bestehenden Normativbestimmungen und dem zur Ausführung der letzteren unter Genehmigung des Königlich Preußischen Ministers der öffentlichen Arbeiten aufzustellenden, von Zeit zu Zeit der Prüfung zu unterziehenden Regulative (...) gebildet. Der Erneuerungs- und Reservefonds sind sowohl von einander, als auch von anderen Fonds getrennt zu halten.
Der Erneuerungsfonds dient zur Bestreitung der Kosten der regelmäßig wiederkehrenden Erneuerung des Oberbaus und der Betriebsmittel.
In den Erneuerungsfonds fließen:
1. der Erlös aus den entsprechend abgängigen Materialien
2. eine den Betriebseinnahmen alljährlich zu entnehmende Rücklage, deren Höhe durch das Regulativ festgesetzt wird,
3. die Zinsen des Erneuerungsfonds
Erachtet die Aufsichtsbehörde eineVerstärkung dieses Fonds nicht für erforderlich, so fallen die alljährlichen Zuschüss fort und die Einnahmen aus dem Erlös der alten Materialen fließen in die Betriebskasse.
Jedoch ist der Erneuerungsfonds stehst auf der von der Aufsichtsbehörde bestimmten Höhe zu erhalten und zu dem Zweck durch die oben gedachten jährlichen Erlöse und Zuschüsse bis zu dieser Höhe wieder zu verstärken."
Quelle: Aktensignatur A2732, Thüringer Hauptstaatsarchiv, Weimar
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Der Lageplan (1) der Gleisanlagen aus der Zeit der 70iger Jahre zeigt die doppelte Gleisverbindung von Gleis 1 und Gleis 2. Das dritte Gleis am Lokschuppen ist bereits nicht mehr vorhanden. Die Lageskizze weist zwei Fehler am Lokschuppen auf. Die ehemalige Wagenhalle existiert zu dieser bereits, ist aber stillgelegt. Der Wasserturm war mittig zwischen Gleis 5 und 6 angeordnet, wie Luftbildaufnahmen von 1990 zeigen.
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Blick auf die Gleisanlagen am 18.03.1972, gut zu erkennen ist die doppelte Gleisverbindung kurz hinter dem Güterschuppen, das Häuschen der Gleiswaage sowie das Lademaß rechts im Mittelgrund.
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Aufnahme von Anfang der 80er Jahre nach der Oberbausanierung der Strecke. Auf dem Bahnsteig liegen noch die alten Gleisjoche.
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Blick auf die Gleisanlagen in den 80iger Jahren in Richtung Westen. Die doppelte Gleisverbindung zwischen Lagegleis 1 und Gleis 2 ist bereits wieder rückgebaut. Am rechten Bildrand der linken Aufnahme ist der Lokschuppen zu erkennen. Das Güteraufkommen läßt sich an der großen Zahl von offenen Güterwagons erahnen.
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Diese sehr schöne Aufnahme aus dem Jahre 1991 zeigt die Gleisanlagen nahezu in vollständiger Ausdehnung nach der Oberbausanierung. Noch stehen einige Güterwagen am Ladegleis. Drei Jahre später wird der Güterverkehr für immer eingestellt.
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Gleisplan von 1990. Kleine Fehler in der Gleisbilddarstellung sind erkennbar. Die Gleise zum Lokschuppen sind bereits nicht mehr dargestellt.
„Die Notterbrücke“
Zu den größten Kunstbauten der Strecke Ebeleben-Mühlhausen gehört die 3-teilige Stahlträgerbrücke über den Mühlgraben westlich des Bahnhofsgeländes. Sie überspannte den Mühlgraben mit einer Länge von 33,9m in einer leichten Linkskurve.
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Blick auf die Eisenbahnbrücke über den Mühlgraben stadtauswärts. Ausschnitt aus einer Postkarte von 1899.
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Diese Aufnahme zeigt die Brücke in den 30er Jahren des 20. Jahrhunderts mit einem Personenzug aus Richtung Mühlhausen kommend.
Die Dampflokomotive ist derzeit nicht zu identifizieren, da alle bisher bekannten Aufnahmen diesen Loktyp nicht zeigen.
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Auf dieser Aufnahme ist die gebogene Bauform und der Oberbau gut zu erkennen. Im Vergleich zum oberen Foto ist zu erkennen, dass das Geländer bereits erneuert worden ist. Weiterhin ist interessant, dass diese Aufnahme aus dem fahrenden Zug heraus geschossen wurde. Erkennbar ist dies an den Geländern links und rechts am Bildrand, wie sie auf dem Plattformwagen üblich waren.
Die folgenden Aufnahmen zeigen die Brücke im Dezember 2004.
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Heute ist diese Brücke bereits Geschichte. Im Zuge des Rückbaus der Gleisanlagen im Jahre 2008 wurde sie abgerissen.