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Der Güterschuppen bestand in der Erbauungszeit aus einem Gebäude, das sowohl gleisseitig als auch stadtseitig jeweils ein Tor besaß und etwas schmaler als das Empfangsgebäude war. 1910/11 wurde das Gebäude deutlich verlängert. Das Baumaterial dazu kam vom Mühlhäuser Bahnhof der MEE, der zu dieser Zeit abgetragen wurde. Noch bis zum Abriss war anhand des Fachwerks gut zu erkennen, wo die umgesetzten Gebäude angesetzt wurden. Der westliche Teil des Güterschuppens stellte dabei das ehemalige Empfangsgebäude des Mühlhäuser Bahnhofes (Ebeleber Bahnhof) dar, das erklärt auch die zweiflüglige Tür auf der Gleisseite. Später, der Zeitpunkt ist mir derzeit nicht bekannt, erfolgte eine Erweiterung stadtwärts, indem, bis auf wenige Meter am westlichen Ende, der Güterschuppen verbreitert wurde. Ein deutlicher Anhaltspunkt für die verschiedenen Ausbaustufen ist die Ausführung des Bodens. Während im ursprünglichen Gebäude ein Holzfußboden mit Unterkellerung angelegt war, zeigt der Anbau einen massiven Betonfußboden, der stadtwärts eine Fuge aufweist.
Aufgrund der gemeinsamen Geschichte der Mühlhäuser und Schlotheimer Bahngebäude sei hier der Verweis auf die Reste am Mühlhäuser Bahnhof gestattet.
Von den Bahnhofsgebäuden der MEE in Mühlhausen sind nur noch diese alten Lagerschuppen auf den folgenden Bildern vorhanden, die zu einer unmittelbar daneben angesiedelten Spedition gehörten. Südlich dieser drei Gebäude (vom Standpunkt aus auf der Rückseite) befand sich das Empfangsgebäude und der Güterschuppen.
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